揚州市婦幼保健院始建于1951年的蘇北婦幼保健院，1954年更名為揚州市婦幼保健院，1969年并入揚州市人民醫院，1973年恢復市婦幼保健院建制，1982年在國慶路395號現址重建開診，1996年與市婦幼保健所合署，市紅十字醫院、市計劃生育指導所先后并入，2009年成為揚州大學醫學院附屬醫院，2010年被省衛生廳確認為三級甲等婦幼保健院，是揚州地區唯一的集醫療、保健、教學、科研、社區服務等功能于一體的三級甲等婦幼保健專科醫院。

醫院占地面積2.5萬平方米、建筑面積4.8萬平方米；設一級科室45個，二級科室48個；設置床位450張（實際開放380張）。現有職工772人，其中碩士、博士研究生48人、副高以上職稱人員144人。醫院專科特色明顯，婦科為“江蘇省婦幼健康重點學科”，產科、計劃生育科、兒童保健科為“江蘇省婦幼健康重點學科建設單位”，新生兒科為“江蘇省新生兒急救中心揚州市婦幼保健院協作中心”，乳腺科、放射科、藥事科、兒科、營養科、小兒骨科、醫學檢驗科、麻醉科、醫學影像科等14個科室為市級臨床重點專科（建設單位）。

醫院現轄“揚州市醫學遺傳中心”“揚州市危重孕產婦救治中心”“揚州市新生兒救治中心”“揚州市兒童保健中心”4個市級區域性中心，配套建有OICU、NICU，擁有全市唯一的新生兒專用急救轉運車。開展29項遺傳代謝病篩查、無創DNA產前檢測、染色體芯片檢測、無痛分娩、水中分娩、宮（腹）腔鏡、單孔腹腔鏡、PICC、動靜脈同步換血、臍靜脈插管、亞低溫治療等產兒科診療項目。

近年來，醫院圍繞婦幼衛生工作方針，服務全生命周期，強化質量內涵建設，先后與上海市紅房子婦產科醫院、江蘇省婦幼保健院、南京市兒童醫院、中日友好醫院等單位建立協作關系，組建橫向、縱向醫聯體，成為揚州市婦幼保健聯合體龍頭單位。

通過常態化坐診、實施導師制、成立工作室等措施上掛下聯，醫院醫療保健水平、服務能力不斷提高，先后獲得全國百家優秀愛嬰醫院、國家級出生缺陷干預救助基地、全國“流產后關愛”優質服務示范單位、國家PAC區域示范醫院、全國孕期營養課堂項目優秀承辦單位、國家級“基層預防艾滋病、梅毒和乙肝母嬰傳播工作優秀集體”、首批“江蘇省分娩鎮痛技術培訓基地”、江蘇省母嬰友好醫院等榮譽稱號。2017年，榮立江蘇省婦幼健康服務工作“集體二等功”。

作為市級公立醫院，醫院堅持“母親安全 兒童優先”的辦院宗旨，重視精神文明和醫學人文建設，緊緊圍繞“建成保健與臨床相融合，群眾滿意、員工幸福、社會信賴的婦幼保健院”的發展目標，不斷深化“求精 求新 求實 求誠”的醫院精神，服務水平不斷提升，在江蘇省三級醫療機構第三方滿意度測評中，綜合滿意度連續多年位列揚州市各家醫院前列，多次獲得江蘇省文明單位、江蘇省衛生行風先進集體、江蘇省“群眾滿意的醫療衛生機構”、基本公共衛生服務工作先進單位、價格誠信單位、綠色生態醫院、優質護理服務先進單位及“白求恩杯”競賽優勝單位等榮譽稱號。

2016年9月，揚州市人民政府常務會議決定：結合市兒童醫院新建和市婦幼保健院遷建，按照三級專科醫院標準，在廣陵新城158畝地塊上，新建“揚州市婦女兒童醫院”。作為揚州市域內唯一的三甲婦幼機構，醫院將緊緊圍繞市委市政府“健康中國·揚州樣本”和“優生之城”建設要求，把群眾滿意作為醫院發展的首要任務，圍繞全生命周期，為廣大婦女兒童提供優質、安全、高效的醫療保健服務，為家庭幸福安康、社會和諧穩定作出新的更大的貢獻。