牡丹江醫學院由1946年始建的牡丹江專區醫院、1956年始建的黑龍江省衛生干部進修學校于1958年共同創建，是黑龍江省東南部地區唯一一所省屬普通本科醫藥院校,著名歷史學家郭沫若先生題寫了校名。

1997年一次性通過教育部本科教學合格評價。2006年在教育部本科教學水平評估中，專家組給予了優秀評價，全國評價為良好。2010年被列為黑龍江省特色應用型本科高校建設單位。2012年被評為全國首批卓越醫生教育培訓計劃項目試點高校。2013年獲得碩士學位授予權。2015年，被授予“全國文明單位”稱號，在教育部臨床醫學專業認證中獲得了6年有效期，居地方醫學院校領先水平。2016年，在國家本科教學審核評估中獲得專家組高度評價。

學校長期堅持“為農村辦學，為基層服務”的辦學方向，獲得國家和社會的充分認可。“為農村培養鄉土型醫師的探索與實踐”獲國家級優秀教學成果特等獎。

學校占地面積77萬平方米，建筑面積40萬平方米，教學科研儀器設備總值1.97億元，資產總值9.8億元。

學校本科招生面向全國28個省、自治區、直轄市，現有全日制碩士研究生、本科生11361人。學校開設臨床醫學、醫學影像技術、制藥工程、公共事業管理等21個本科專業，涵蓋醫學、理學、工學和管理學4個學科門類。其中臨床醫學、醫學影像學、麻醉學、醫學檢驗是省級重點專業，醫學影像學是省級一類特色專業、國家級一類特色專業建設點和省人才培養模式創新實驗區，口腔醫學、臨床醫學、醫學影像學、麻醉學專業列為本科一表招生。臨床醫學、基礎醫學、生物學、護理學、公共衛生學、藥學為碩士學位授權一級學科,碩士授權二級學科28個。基層實用型臨床醫學列為黑龍江省“雙一流”建設項目——全省特色學科建設學科。基礎醫學、生物學、內科學和影像醫學與核醫學為省級重點學科；藥學和外科學為省級重點培育學科。人體解剖學、組織學與胚胎學、醫學遺傳學、病原生物學、醫學影像設備學和診斷學為省級精品資源共享課程，《常見感染病》為省級精品開放課程。

學校現有教職工3340人（含兩所直屬附屬醫院），具有高級職稱人員723人、具有碩士以上學位人員762人。專任教師710人，正高級職稱164人，副高級職稱208人，碩士以上學位教師占79%，其中博士學位教師142人，占20%。博士生導師5人、碩士生導師187人，龍江學者特聘教授3人，國務院及省政府特殊津貼獲得者、省級教學名師、省優秀中青年專家和省衛生系統有突出貢獻的中青年專家等25人，省領軍人才梯隊、省高校科技創新團隊、省級教學團隊等6個。我校教師獲得首屆全國醫學影像技術專業教師教學設計大賽特等獎、第二屆全國康復相關專業青年教師課堂教學比賽二等獎等國家級獎勵近30項。

學校現有腫瘤疾病防治、腦卒中防治、抗纖維化生物治療、麻醉與危重病學4個黑龍江省重點實驗室，組織損傷與修復、腫瘤疾病防治2個黑龍江省高校重點實驗室，1個中俄醫科大學聯盟牡丹江醫學院慢病與藥物研究中心，依托學校建有黑龍江省生物醫藥技術服務平臺、黑龍江省博士后創新創業實踐基地、黑龍江省高校校企共建工程技術研發中心和牡丹江市北藥開發實驗基地等科研平臺；基礎醫學實驗教學中心、臨床技能實驗教學中心和藥學實驗教學中心為黑龍江省實驗教學示范中心。

近年來，學校教師參加教材編寫293部，其中主編教材68部。承擔國家級、省部級科研課題140多項，2018年獲國家重點研發計劃1項。合作獲得國家技術發明二等獎1項。獲得省部級科學技術獎61項、省部級教學成果獎27項。《牡丹江醫學院學報》國內外公開發行。

學校圖書館館藏文獻180萬冊，其中紙質圖書100萬冊。校園網“千兆（1Gbps）為主干，百兆到桌面”，運行1個學校門戶網站和43個二級網站。

學校有2所直屬附屬醫院、7所教學醫院，實習醫院、制藥企業、國有大中型企業等實踐教學基地68所。

學校與俄羅斯太平洋國立醫科大學、美國田納西大學、菲律賓法蒂瑪大學等國外院校建立了交流與合作關系。

學校秉承“立德立行、唯實唯新”的校訓，弘揚“執著、愛校、求實、合作、創新、奉獻”的牡醫精神，堅持“人本、厚德、尚能、強技”的辦學理念，突出“以德為先，注重人文，強化實踐，服務基層”的辦學特色，注重學生實踐能力的培養，畢業生綜合素質和適應能力不斷提高，受到用人單位的歡迎，得到了社會的廣泛認可。

建校以來，學校共培養醫學、藥學等專業畢業生6萬余人，大部分已經成為學科帶頭人和業務骨干，為黑龍江省和全國醫藥衛生事業發展作出了重要貢獻。