有直屬院系所9個。設有本科專業9個：臨床醫學（八年制）、臨床醫學（五年制）、臨床醫學（六年制）、基礎醫學、法醫學、預防醫學、公共事業管理、藥學、護理學，高職專業1個：護理。有博士學位授予權的一級學科9個（醫學門類6個，非醫學門類3個），設有博士后科研流動站8個：生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、藥學、公共管理（醫）、護理學。在校博士研究生2487人，碩士研究生2637人，普通本科生3810人，專科生279人，預科生15人，共計9228人。有中國科學院院士5人，中國工程院院士5人，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授27名，講座教授8名，另有青年長江學者6名。“國家重點基礎研究發展計劃（含重大科學研究計劃）”項目首席科學家17人，牽頭2018年度國家重點研發計劃專項項目9項（含附屬醫院牽頭4項）、國家科技重大專項課題5項（含附屬醫院牽頭3項）。國家杰出青年基金獲得者36人，國家自然科學基金優秀青年基金獲得者19人。

有一級學科國家重點學科3個：生物學、基礎醫學、中西醫結合，二級學科國家重點學科12個：內科學（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、婦產科學、流行病學與衛生統計學、藥劑學、社會醫學與衛生事業管理；有國家老年疾病臨床醫學研究中心、國家放射與治療臨床醫學研究中心和國家兒童醫學中心；有國家重點實驗室1個：醫學神經生物學；教育部重點實驗室5個：醫學分子病毒學、代謝分子醫學、智能化遞藥、公共衛生安全、癌變與侵襲原理，教育部前沿科學中心1個：腦科學；國家衛健委（衛生部）重點實驗室9個：糖復合物、抗生素臨床藥理、手功能重建、衛生技術評估、醫學分子病毒學、聽覺醫學、近視眼、病毒性心臟病、新生兒疾病，上海市重點實驗室9個：周圍神經顯微外科、醫學圖像處理與計算機輔助技術、器官移植、女性生殖內分泌相關疾病、腎臟疾病與血液凈化、視覺損害與重建、乳腺腫瘤、出生缺陷防治、老年醫學臨床。

上海醫學院一號醫學科研樓（復星樓）、學生書院、醫科圖書館、綜合游泳館、地下停車庫的樓宇已投入使用，二號醫學科研樓正在建設中。

附屬醫院17所（含籌），分別是復旦大學附屬中山醫院、復旦大學附屬華山醫院、復旦大學附屬腫瘤醫院、復旦大學附屬婦產科醫院、復旦大學附屬兒科醫院、復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院、復旦大學附屬金山醫院、復旦大學附屬上海市第五人民醫院、上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心、復旦大學附屬華東醫院、復旦大學附屬浦東醫院、復旦大學附屬靜安區中心醫院、復旦大學附屬閔行醫院、復旦大學附屬精神衛生中心（籌）、復旦大學附屬青浦區中心醫院（籌）、復旦大學附屬口腔醫院（籌）、復旦大學附屬徐匯醫院（籌）。