2000年，遼寧衛生職工醫學院并入我校。2006年經教育部批準，學校更名為“遼寧中醫藥大學”。2013年經遼寧省批準，學校增具“遼寧省中醫藥科學院”名稱。

建校60年來，遼寧中醫藥大學建成了“一校三區”的發展格局，主校區位于遼寧省會城市沈陽，兩個分校區分別位于濱城大連和藥都本溪，占地面積1040余畝。學校設置醫、理、工、管、文、法等6個學科門類，21個本科專業，現有在校生萬余人，下設17個學院、4所直屬附屬醫院、1個教學部、2個教學實驗中心、1個實驗動物中心、2所研究院、1所科學院、2所圖書館、5所博物館，是遼寧省唯一一所培養中醫、中藥、針灸推拿、中西醫臨床醫學、高級護理和醫學相關類人才的高等院校，是國家中西部高校基礎能力建設工程高校。

 學校先后獲得全國創先爭優先進基層黨組織、全國教育系統先進集體、全國教育紀檢監察先進集體、全國文明單位、全國五一勞動獎狀、全國衛生計生系統先進集體、遼寧省先進基層黨組織、遼寧省先進集體、遼寧五一獎狀、遼寧工人先鋒號、遼寧省教育系統先進黨委、遼寧省教育系統先進集體、遼寧省紀檢監察系統先進集體、遼寧省文明單位、遼寧省文明校園、遼寧省平安校園等榮譽稱號。

學校中醫藥主干學科全部列居省一流學科。現有1個國家重點學科、4個遼寧省高等學校一流學科、3個遼寧省高等學校一流特色學科、6個遼寧省“提升高等學校核心競爭力特色學科建設工程”立項學科、7個遼寧省高等學校重點學科、26個國家中醫藥管理局中醫藥重點學科、21個遼寧省中醫藥重點學科，有3個博士后科研流動站、3個一級博士學位授權學科、16個二級學科博士學位授權點、3個一級碩士學位授權學科、19個二級學科碩士學位授權點、1個博士專業學位授權點、3個碩士專業學位授權點。

學校有1個國家級教學團隊、4個國家級特色專業建設點、1個國家級專業綜合改革試點項目、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2個教育部國家中醫藥管理局卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目、1個國家級大學生校外實踐教育基地、3門國家級精品課程、3門國家級精品資源共享課程、4項國家級教學成果獎、6個省級實驗教學示范中心、2個省級虛擬仿真實驗教學中心、7個省級教學團隊、22門省級精品課程、6門省級精品資源共享課程、1門省普通高等學校本科精品視頻公開課、6個省級大學生實踐教育基地、1個省級大學生創新創業實踐教育基地、4個省級高等學校綜合改革試點專業、3個遼寧省普通高等學校首批一流本科教育示范專業、38項省級教學成果,主編106部國家級、行業規劃和特色創新教材，其中包括31部“十三五”中醫藥行業規劃教材、8部“十二五”省級規劃教材、8部省級精品教材，是全國“標準化病人”（SP）實踐教學示范基地、中國SP社區遼寧省分會、全國中醫師資格認證中心考試工作基地、國家醫師資格考試實踐技能考試與考官培訓基地（中醫類別）、全國中醫藥外語培訓基地，在應用型、師承型、創新型、外向型“四型”中醫藥人才培養方面形成了獨有的辦學特色。

學校有2名國醫大師、2名全國名中醫、1名國務院學科評議組成員、1名“973項目”首席科學家、2名國家中醫藥高等學校教學名師、2名國家中醫藥領軍人才支持計劃—岐黃學者、3名國家百千萬人才工程人選、61名享受政府特殊津貼專家、57名全國老中醫藥專家學術經驗繼承指導教師、5名國家衛生計生突出貢獻中青年專家、1名全國普通高校百名“兩課”優秀教師、1名岐黃中醫藥傳承發展獎獲得者、55名全國中醫（臨床、基礎）優秀人才、8名遼寧中醫大師、75名遼寧省名中醫、1名遼寧省院士后備人選、2名遼寧省高等學校攀登學者、2名遼寧省領軍人才、11名遼寧省優秀專家、11人次入選遼寧省高校“高端人才隊伍建設工程”特聘教授、18名遼寧省教學名師，在“興遼英才計劃-高層次人才培養支持計劃”中，入選科技創新領軍人才2名、遼寧特聘教授1名、青年拔尖人才2名、“興遼英才計劃-高水平創新創業團隊培養引進計劃”創新團隊1個，在遼寧省“百千萬人才工程”中，入選百人層次42人、千人層次81人。

學校有1個國家地方聯合工程實驗室、1個教育部重點實驗室、1個國家中醫臨床研究基地、3個國家藥物臨床試驗機構、3個國家中醫藥管理局重點研究室、11個國家中醫藥管理局科研三級實驗室、1個全國科普教育基地、1個省級人文社會科學重點研究基地、30個省級重點實驗室、工程中心及工程實驗室、1個遼寧省高等學校重大科技平臺、2個遼寧省臨床醫學研究中心，是遼寧省中醫藥健康產業校企聯盟牽頭單位、遼寧省科協科技成果轉化服務基地、全國中醫藥文獻檢索遼寧分中心。“十二五”以來，學校新增各類科研項目1045項，其中，國家級項目131項，省級項目397項；發表學術論文9410篇；出版著作439部。學校主辦3種中醫藥學術期刊，其中，《中華中醫藥學刊》是中國中文核心期刊、中國科技核心期刊，《遼寧中醫雜志》《遼寧中醫藥大學學報》是中國科技核心期刊。

學校是教育部確定的首批有條件接收國外留學生、港澳臺學生的高等院校之一，是中國-中東歐中醫藥國際合作基地、中國-泰國中醫藥中心、中國•遼寧-泰國中醫藥合作基地，在斯洛伐克醫科大學設有中醫孔子課堂。學校具有中國國家政府留學生獎學金招生院校資格，是國家首批“絲綢之路”中國政府獎學金項目委托培養高校，是免試招收香港學生、招收澳門保送生、招收臺灣學測生的高校，具有孔子學院獎學金接收院校資質，是遼寧省政府留學生博士獎學金招生院校。學校立足亞洲，面向歐美，拓展非洲，放眼全球，廣泛開展國際交流與合作，先后與韓國、新加坡、俄羅斯、英國、美國、加拿大、泰國、澳大利亞、南非、斯洛伐克等35個國家和地區的大學、醫療機構或學術團體建立合作關系。學校一直致力于開展多種形式的國際學術合作、醫療合作和教育合作，并多次主辦或承辦國際會議。

 學校四所直屬附屬醫院分別增具遼寧省中醫醫院、遼寧省中醫藥研究院、遼寧省肛腸醫院、遼寧省中西醫結合醫院名稱，共有11個國家衛生部臨床重點專科、7個國家區域中醫（專科）診療中心、21個國家中醫藥管理局重點專科、42個省重點專科，有6所非直屬附屬醫院、98個臨床教學基地。

 學校不斷豐富健康校園的內涵，致力于建設人文校園、節約校園、平安校園、智慧校園，實現了規范化、標準化、流程化服務保障；建成了“三位一體”的安全防控體系；實現了覆蓋沈陽、大連兩個校區的先進、高性能網絡基礎設施，擁有基于云計算的高效、安全的數據中心，構建了高水平的數字化信息資源管理體系，實現了基于網絡環境和移動訪問的文獻、信息和咨詢服務模式。

在改革中不斷前行的遼寧中醫藥大學，始終堅持社會主義辦學方向，秉持“厚德博學、繼承創新”的校訓精神，以創新驅動、服務地方為導向，全面加強內涵建設，在推動遼寧老工業基地振興和祖國中醫藥事業的傳承與發展中做出了重要貢獻，正向著內涵豐富、特色優勢突出的高水平中醫藥大學的奮斗目標闊步前進！