巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種病變。正常情況下，子宮內膜生長在子宮腔內，受體內女性激素的影響，每月脫落一次，形成月經。如果月經期脫落的子宮內膜碎片隨經血逆流經輸卵管進入盆腔，種植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成異位囊腫，這種異位的子宮內膜也受性激素的影響，隨同月經周期反復脫落出血，如病變發生在卵巢上，每次月經期局部都有出血，使卵巢增大，形成內含陳舊性積血的囊腫，這種陳舊性血呈褐色，黏稠如糊狀，似巧克力，故又稱“巧克力囊腫”。
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